インデックスを辞書で調べると目次とか索引とか意味が出てきますが、SEOにおけるインデックスは少し意味が違います。
検索エンジンは日々、サイトのデータを収集しており、そのデータに基づいて検索結果が表示されます。
検索結果をスムーズに表示するには、収集した生データを保存するのではなく、検索アルゴリズムで処理しやすいように個々の単語に分割するなどの加工が必要です。
このように検索結果が収集したデータを加工してデータベースに保存することを「インデクシング」または「インデックス化」、「インデックスする」と表現します。
つまり、SEOにおける「インデックス」とは検索エンジンのデータベースに保存されたデータのことです。
SEO対策として「インデックス数が多い方が有利」というのは、検索エンジンのデータベースに保存されたデータ数（ページ数・インデックス数）が多い方がヒットしやすい、という意味です。