レンタルサーバーによっては、会員1名につきMySQLデータベースを1つまたは2つのみ使用可能というケースも珍しくありません。これで問題が生じるわけでもありませんが、同じCMSツールをいくつもインストールしたい場合、テーブル名が重複しないように接頭辞を変える必要があり、少し管理しづらくなるかもしれません。
その場合、MySQLの代わりにSQLiteを使うのも1つの手です。SQLiteは1データベース1ファイルなので、同じテーブル名を使用するツールをいくつかインストールしても、別のデータベースファイルで管理されるので問題ありません。
1データベース1ファイルなのでバックアップや削除もファイルコピー、ファイル削除ですみ、手軽に作業を進めたい方には最適です。ただし、一部のCMSツールでは対応状況が微妙であったり、データ型の定義が不要というメリットにもデメリットにもなるような特徴もあるので、問題があればMySQLに移行するというイメージでいた方が無難です。