サイト内にアフィリエイトリンクを設置することもありますが、設置状況によってはSEO的にマイナスになることがあります。たとえば、アフィリエイトリンクの貼りすぎや設置する位置には注意が必要です。
アフィリエイトリンクはSEO的に何の影響もない、でも…
Googleの担当者によると「広告を貼っても何の問題もない。ただし、アフィリエイトリンクを貼っただけの薄っぺらいページでなければ」という予想通りのものです。
【参考】アフィリエイトリンクはSEO評価に影響あり？／Googleが説明
説明するまでもなくリンクだけで構成したような薄っぺらいページでなければ、アフィリエイトリンクを貼っても問題ない、ということです。
これに反論するわけではありませんが、個人的には内容が充実したページでもアフィリエイトリンクを増やしたら順位が落ちたという現象を何度か経験しています。Googleの担当者が「問題ない」というので単なる気のせいかもしれませんが。
ただし、「リンクだらけの薄っぺらいページは問題になる」という主旨ですから、実際は真面目に作ったページでも何らかの事情で「薄っぺらい！」と判断されてしまう可能性はあります。ですから広告の貼りすぎには注意、と言えます。
また、思い当たる原因がないのに特定のページの検索順位が落ちてきたら広告を貼りすぎていないかチェックしてみましょう。
1ページに同じアフィリエイトリンクをいくつも設置するとマイナス
特に注意が必要なのは、同じアフィリエイト広告を1ページにいくつも貼った場合です。私のサイトでも、なぜか検索順位が急落したページを調べたら同じ商品のリンクがいくつも貼ってありました。撤去したら、順位は戻りました。元に戻るまで時間がかかりましたが。
どうしても複数商品へのリンクを貼りたい場合、その商品の紹介ページを作っておいて、そのページにリンクを貼る形にしましょう。複数商品のリンクは内部リンクなので問題を起こさないはずです。
1ページに複数商品のリンクを貼ってしまう落とし穴は、文章中の商品名をすべてアフィリエイトリンクに置き換えている場合です。利便性のために行っているのかもしれませんが、同じページに膨大な商品リンクが設置されてしまうので注意が必要です。
私もこれが原因で検索順位が100位以下に落ちたページがあります。リンクを撤去したら戻りました。でも、リンクを撤去してから順位が戻るまで、結構な時間がかかりましたが。
ファーストビューを広告で埋めるとマイナス
広告の数だけではなく場所も問題になります。ページが開いてすぐに見える領域（ファーストビュー）が広告で埋まっていると検索エンジンの評価が低くなります。いわゆるページレイアウトアルゴリズムとよばれる評価ロジックです。
【参考】ページレイアウトアルゴリズムとは | SEO用語集：意味/解説/SEO効果など [SEO HACKS]
ユーザーが望んでいるコンテンツが見えず、望んでいない広告が画面全体を覆い尽くすとユーザーの利便性を損なうという考え方です。あまり過敏になる必要はありませんがファーストビューのレイアウトには注意しましょう。
スマホの広告レイアウトに注意
意外と注意が必要なのがスマホのレイアウトです。PCでは幅300px、高さ300pxの四角形の広告が2つ横に並んでいても問題ありませんが、そのままレスポンシブ対応すると、スマホでは幅300px、高さ600pxのようなサイズ感になってしまい、タイミングによっては画面全体が広告で埋まってしまうこともあります。注意しましょう。